Fundado el 9 de enero de 1952 por la inspiración de varios jóvenes talentos que ya desde los años 30 jugaban en la playa de la ciudad con equipos como el Costa Rica y el Asturias. Ese mismo año los "chuchequeros" se inscriben en la segunda división y aunque no fue sino hasta 1964  cuando lograron llegar a la división de honor, tuvieron enorme éxito en 1958 al ver debidamente construido su estadio Miguel "Lito" Pérez, campo que sería la sede inexpugnable de los porteños en todos sus años en primera; sede que también tendría el apodo histórico de la "Olla Mágica" por el intenso calor y lo pequeño del campo que hace sufrir a los rivales que visitan al Municipal  Puntarenas.

Para 1964 la Federación decide aumentar el número de clubes participantes en la primera división para el campeonato de ese mismo año; tal decisión fue beneficiosa para Limón y Puntarenas quienes al tener su estadio y su afición fueron ascendidos por decreto federativo, los porteños se convirtieron en pesadilla para manudos, morados, cartagos y florenses los cuales caían en muchas ocasiones en sus visitas al reducto porteño e incluso el debut del Puerto en primeras ante el Saprissa en el Estadio Nacional se saldó con triunfo visitante 3-2.

En 1972 los porteños descendieron pero ganaron el campeonato de segundas en 1976 llegando de nuevo a primera división para 1977, luego de ese año los "chuchequeros" alcanzaron un excelente nivel lo cual los convirtió en grandes animadores del certamen local consiguiendo 3 subcampeonatos (1978-1982 y 1983) y un campeonato en 1986 convirtiéndose en el único equipo fuera del valle central en ser campeón nacional. A nivel internacional los naranjas compitieron en la desaparecida Fraternidad Centroamericana a inicios de los 70s y en CONCACAF a finales de los 80s sin mayor éxito en ambas ocasiones.

 Descendieron de nuevo en la temporada 2000-01 y aún permanecen en la segunda categoría.